La gestione del SISTRI è stata affidata al Comando Carabinieri per la Tutela dell’Ambiente che dovrà, altresì, garantire la messa a disposizione dei dati sulla produzione, movimentazione e gestione dei rifiuti. Dal sistema sarà, così, possibile ricavare i flussi di informazione che consentiranno di adempiere agli obblighi informativi previsti dalla normativa comunitaria e di rispondere alle necessità derivanti dalle rispettive competenze di ciascuna Istituzione coinvolta. In particolare, il SISTRI sarà interconnesso telematicamente con:

• l’ISPRA - Istituto Superiore per la Protezione e la Ricerca Ambientale - che fornirà, attraverso il Catasto Telematico, i dati sulla produzione e la gestione di rifiuti alle Agenzie Regionali e Provinciali di Protezione dell’Ambiente, che a loro volta provvederanno a fornire i medesimi dati alle competenti Province;

• l’Albo Nazionale dei Gestori Ambientali, tramite il Ministero dell’Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare, in ordine ai dati relativi al trasporto dei rifiuti.

Per garantire la tracciabilità dei rifiuti speciali, anche per quanto riguarda il trasporto marittimo e ferroviario, il SISTRI sarà interconnesso con i sistemi informativi della Guardia Costiera e delle Imprese ferroviarie. Inoltre, al fine di ottimizzare la gestione integrata dei rifiuti urbani della Regione Campania, l’art. 2, comma 2 bis, del decreto legge 6 novembre 2008, n. 172, convertito nella legge 30 dicembre 2008, n. 210, ha previsto la realizzazione del sistema di tracciabilità di tale tipologia di rifiuti, denominato SITRA. Successivamente l'art. 14-bis della legge n. 102/2009 ha stabilito che il SISTRI sia interconesso con altri sistemi informativi ed anche con il SITRA. Una volta a regime, si verrà così a creare un sistema-rete che consentirà di conoscere la movimentazione completa dei rifiuti dalla produzione alla destinazione finale.